A AFBNDES foi fundada em 14 de julho de 1954, pouco mais de dois anos depois da criação do BNDES. Inicialmente, a entidade se dedicava à promoção de atividades de lazer e à prestação de alguns serviços à comunidade benedense, como empréstimo financeiro. Em 30 de junho de 1954, 25 funcionários participaram da primeira assembleia para discutir e aprovar o Estatuto da Associação. Outras duas assembleias foram realizadas nos dias 14 e 15 de julho, dessa vez para eleger e empossar os integrantes dos três órgãos que comporiam a estrutura da entidade: a Diretoria, o Conselho Fiscal e o Conselho Deliberativo. O primeiro presidente da AF foi Gabriel Paes de Carvalho, eleito pelo voto de 249 associados. Em agosto do mesmo ano, o Banco cedeu uma sala no Edifício Emda, localizado na Rua Sete de Setembro nº 48, no Centro do Rio, para abrigar a sede administrativa da Associação.

A primeira festa promovida pela AFBNDES aconteceu em 29 de outubro de 1954. Ao som da Orquestra Chuca-Chuca, que recebeu sete mil cruzeiros por quatro horas de show, a AF conseguiu atrair mais de cem pessoas ao salão do Clube Piraquê, com muito frevo e o mergulho inusitado de um associado nas águas ainda não poluídas da Lagoa Rodrigo de Freitas. Entre os primeiros serviços oferecidos aos associados, havia o financiamento de automóvel – origem da atual carteira de consórcios da Associação.

Sede própria – Em 1966, o Banco se transferiu para a Av. Rio Branco 53. No ano seguinte, a Associação passou a ocupar algumas salas no 23º andar do mesmo prédio. Naquela época, o espaço destinado à entidade variava de acordo com a simpatia ou a antipatia que seus dirigentes despertavam na Administração do BNDES. Em meados dos anos 1960, a AF se viu reduzida a apenas duas saletas porque não aceitou ser utilizada na punição de funcionários. O Banco pretendia que a Associação só concedesse benefícios a associados cujas fichas funcionais fossem consideradas "limpas" – isto é, livres de faltas, licenças para tratamento de saúde ou punições disciplinares. Isso motivou a AF a buscar um espaço próprio. A solução para o problema só veio em julho de 1973, na gestão de Octávio Madruga, quando foi adquirido um conjunto de salas no nº 52 da Rua Teófilo Otoni. Com uma área total de 304 m2, a Associação passou a ocupar um andar inteiro no edifício e assim pôde oferecer, com autonomia, mais conforto aos associados.

Mas o patrimônio imobiliário da AFBNDES começou a ser formado em 1964, na gestão de Américo José Ferreira, com a aquisição da Colônia de Férias de Itaipava, no município de Petrópolis. Em 1974, sob o comando de Jairo Goulart, a AF, valendo-se de financiamento do Banco, comprou ampla área na Barra da Tijuca para nela erguer sua sede social: o Clube da Barra – projetado pelo arquiteto benedense Manoel Siqueira Marques e inaugurado em 1977. À época, a Associação também administrava o restaurante que funcionava na Av. Rio Branco 53, então sede do BNDES. Nos anos 80, já no Edserj, o restaurante foi extinto e o Banco passou a oferecer tíquete-refeição.

Salto qualitativo – De uma entidade com cunho assistencialista e recreativo, a AFBNDES soube fazer – no final dos anos 1970, início da década de 80 – a transição para um órgão de defesa dos interesses do corpo funcional benedense. E este caminho começou a ser trilhado quando uma preocupação passou a fazer parte do dia-a-dia da Associação: a defesa dos direitos adquiridos dos funcionários do BNDES, que na época sofriam ameaças de corte em função de forte campanha contra as empresas estatais, bode expiatório utilizado pelo governo em meio à grave crise econômica brasileira.

Os funcionários oriundos dos concursos públicos realizados em 1974 e 1975 trouxeram sangue novo à instituição e, apesar das boas condições de remuneração e trabalho que o então BNDE proporcionava, havia o entendimento de que não interessava um país desenvolvido apenas para uns poucos brasileiros. Na Associação, os empregados começaram a definir formas de luta em defesa de seus interesses no interior do Banco e a se organizarem para participar de ações articuladas com outras entidades do movimento social, como sindicatos e associações de classe.